Buenas jujito028
Puede ser perfectamente debido al puerto USB, pero sin más información esimposible saberlo.
Los puertos USB de un equipo de sobremesa van por lo general conectados al chipset de la placa por sus propios buses, pero esto depende entre diferentes arquitecturas, fabricantes y otros, especialmente portátiles (y en especial AMD), donde el espacio importa y se tiende a reutilizar todo lo posible el chipset. Los USB pueden ir conectados al bus PCIe, o estar compartidos por otros dispositivos internos/externos. Sin saber el diagrama interno de la placa es complicado aseverar si dicho puerto usa un bus dedicado o no. Se podría intentar mirar en los vectores de interrupción por si es compartido, no es una certeza pero podría dar una pista.
Esto es importante, porque si el bus va directamente al chipset pero es compartido, la velocidad puede variar constantemente, porque otros dispositivos usan el ancho de banda disponible.
Hay una herramienta maravillosa para saber a ciencia exacta realmente como se distribuyen internamente/externamente los USB: usbview. Forma parte del kit de desarrollo de Windows 10, se puede descargar e instalar solo las opciones de depuración, que es donde viene incluida
Podría ser estabilidad dela línea también, pero no variaría tanto, es demasiado lo que dices
