Buenas Loberu
Las redes que se llamen igual, por lo general se vuelven... "invisibles" para la mayoría de aplicaciones/sistemas. Es decir que si tenemos una sola red en el Router llamada pepe y otra en el AP llamada pepe, en las aplicaciones normales de conexión tan solo verán una sola red llamada pepe. Ahora bien, obviamente a veces estarán conectado al Router, otras veces al AP.
No obstante esto no es del todo cierto, y cualquier aplicación o utilidad tipo analizador WIFI, que no son pocas, rápidamente te puede decir que existen dos redes llamadas pepe. Pero por lo general es cierto que se requiere alguna aplicación en el PC o móvil para verlas.
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Respecto a la seguridad, aquí la cosa ya es diferente. No llego a la paranoia, porque creo que la paranoia no es muy buena y sena, pero si creo que es extremadamente importante que uno tome siempre unas medidas "mínimas". Depende a quien le preguntes las "mínimas" serán unas u otras.
Yo, en lo personal, jamás permitiría acceso a la misma red, de ninguna de las maneras, a terceros. En tu caso particular, y repito esto es a título personal y para lo que yo entiendo que se debe o no en cuanto a seguridad, todo el tráfico que pudiese proceder de ellos tendría que ser totalmente independiente del propio.
Esto hay mil formas de hacerlo, y depende como es natural tanto de inversión que pueda hacer falta en dispositivos, tiempo en configuración, etc etc etc.
Por ejemplo, si tan solo hay 1 Router y 1 AP, y se quiere tirar por una configuración "barata" y más sencilla de mantener, lo que haría sería usar en vez de un AP un segundo Router, aislando totalmente la red principal, y dando acceso únicamente a ese AP a Internet, configurando además tanto el Router principal como el propio Router secundario para que no puedan interaccionar. Ese Router tendría sus dos redes WIFI y el tuyo las dos propias, nada más.
Una extensión a lo dicho anteriormente, sería si fuesen necesario más APs, y no solo uno. Sería igual/similar, un Router principal que podría ser el HGU por ejemplo, Un Router secundario que sustituiría a uno de los APs, y el resto de los APs conectados por cable a ese secundario. Todos ellos, el Router secundario y el resto de APs podrían llamar todas las redes iguales, misma contraseña... pero todo el tráfico seguiría siendo aislado e independiente de tu propia red.
Y no te preocupes compañera, lo que necesites si podemos echar una mano.
saludos.