Buenas Douglas_42
El certificado TLS/SSL no se negocia de ninguna manera, el certificado TLS/SSL sólo se envía al equipo cliente cuando este intenta acceder al servidor por el puerto que tenga configurado para usarlo, sea el 443 o cualquier otro. De echo el certificado se envía en texto plano siempre, es un elemento conocido.
Otra cosa totalmente diferente, y también errónea, es que te estés refiriendo única y exclusivamente a la funcionalidad que tendrá el NAS de poder solicitar la expedición de un certificado Let Encrypt (o similar). En el caso de que este fuese el caso y tu insinuación, es también incorrecta, dado que de nuevo el certificado no se negocia. Cualquier certificado emitido por un CA para un servidor Web que sea verificable universalmente, como pueda ser Let Encrypt, jamás genera la clave privada en sus servidores y jamás envía la clave. Esta es generada directamente en el dispositivo (la clave privada junto la clave pública), el NAS en este caso, que es quien genera también el CSR, que posteriormente se envía al CA, y si todo es correcto lo firma y queda "transformado" en el certificado final (carente de la clave privada como es lógico), el cual devuelve al dispositivo. Esta transmisión puede hacerse a través de Internet sin problema. El certificado es un elemento público y conocido. Todo ese proceso da exactamente igual que se realice sobre una conexión cifrada o no, no se transmite absolutamente ningún dato cifrado ni susceptible de ser interceptado o comprometido. El único dato altamente sensible es la clave privada, y esa jamás abandona el equipo donde se ha generado.
En el caso concreto y específico de Let Encrypt, antes de aceptar el CSR requiere como es lógico la validación del dominio, la cual puede hacerse de diferentes formas. Conociendo a Synology es posible que la única forma que permita la validación sea por lectura de archivo en el propio servidor, usando o el puerto 80 o el puerto 443. Pero esto es únicamente una limitación de Synology de como generaría un certificado válido con Let Encrypt, ya que Let Encrypt permite muchos otros modos de realizarlo, y no solo eso, sino que Let Encrypt es sólo un CA de una lista sin fin, como si quieres instalar tu propio certificado o crear tu propia estructura CA.
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Para terminar, sobre que simplemente diga... es lo primero que te dije en mi primera contestación, en el primer párrafo, lo otro era "solo" una recomendación extremadamente importante debido a la falta de conocimientos que tienen la mayoría que usan este tipo de dispositivos y que alegremente exponen todo lo que tienen en ellos a media humanidad.
Saludos.